Met het vliegtuig 

Int’Air Îles vliegt dagelijks tussen Moroni, Anjouan en Moheli. In Moroni staat hun kantoor vlakbij de Volo Volo Markt.

Met de auto 

Het is mogelijk om auto’s te huren op Grand Comore voor ongeveer CF15.000 tot CF25.000 (€ 30 tot € 50) per dag, afhankelijk van het type auto. In Moheli zijn er geen verhuurbedrijven, maar toch kunt u proberen om met behulp van uw hotel een auto of motor rechtstreeks bij een inwoner te huren. De benzineprijs varieert van eiland tot eiland. Hoewel u in Grand Comore CF600 (€ 1,2) per liter kunt betalen, kan de prijs in Moheli (waar benzine schaars is) oplopen tot CF1000 (€ 2) per liter.

Elk eiland heeft een hoofdweg rond het eiland. De wegomstandigheden kunnen op bepaalde secties erg slecht zijn, maar zijn nog steeds goed te doen door gewone voertuigen zonder 4WD.

Liften is een veel voorkomende praktijk onder de lokale bevolking, vooral in Moheli waar er minder transportmogelijkheden zijn. Als je op een toerist lijkt, kan er een vergoeding gevraagd worden. Omdat de lokale bevolking geen toegang heeft tot het openbaar vervoer en kinderen van en naar school moeten lopen, kunnen toeristen met een auto overwegen om lifters te helpen.

Met het openbaar vervoer 

Elke hoofdstad is met de bus verbonden met de dorpen op hun respectievelijke hoofdweg van het eiland. Bussen zijn meestal volgepakt, hebben geen vast schema en stoppen ruim voor zonsondergang.

Gedeelde taxi’s zijn de meest gebruikte vorm van openbaar vervoer in steden.

Met de boot 

Speedboten varen van Chindini aan de zuidkust van Grand Comore naar Hoani aan de noordkust van Moheli. Deze boten zijn kleine vissersboten van glasvezel met boot en motoren in variabele staat. Ze mogen alleen worden genomen op dagen dat de zee kalm is, omdat passagiers gedwongen zijn bagage in zee te lossen en er gaan geruchten dat boten verloren gaan. Deze boten zijn echter over het algemeen veilig om te nemen op rustige dagen. Het is sowieso altijd verstandig om een ​​zwemvest te vragen. Boten vertrekken elke ochtend vanuit Chindini en de reis duurt ongeveer een uur. De prijs is CF10.000 (€ 20) vanaf november 2008, plus een extra CF500 vertrekbelasting. Sommige toeristen hebben bij de politie een speciale vergunning aangevraagd.

Vrachtschepen die de route tussen de drie hoofdsteden van het eiland bestrijken, accepteren ook passagiers. Je moet het in de haven vragen of een bureau zoeken en langere reistijden verwachten (tot 12 uur van Moroni naar Moheli). De prijs van Moroni naar Fomboni in Moheli is CF10.000 per persoon.

Het bedrijf Maria Galanta exploiteert tweemaal per week de route Moroni – Moutsamoudou (Anjouan) – Dzaoudzi (Mayotte). Vanaf oktober 2018 vertrekt de boot op donderdag en zondag vanuit Moroni en is de terugreis woensdag en zaterdag. Elke etappe duurt 5 uur. De prijs naar Anjouan is € 36 enkele reis en € 140-158 helemaal naar Mayotte. De maximale toegestane hoeveelheid bagage is 20 kg plus 10 kg handbagage.