De Spanjaarden maakten het katholicisme bijna alomtegenwoordig, de kerk heeft nog steeds veel invloed en de Filippijnen zijn al eeuwenlang het grootste overwegend christelijke en katholieke land van Azië. Er is echter ook eeuwenlang een aanzienlijke moslimbevolking geweest, protestantse missionarissen zijn actief geweest en verschillende protestantse denominaties zijn nu goed ingeburgerd in het land, en er zijn ook een paar volgers van andere Aziatische religies.

De Filippijnen zijn niet alleen het grootste christelijke land van Azië, maar ook de op twee na grootste rooms-katholieke natie ter wereld. Het rooms-katholieke geloof blijft de grootste erfenis van driehonderd jaar Spaanse koloniale overheersing. Het katholicisme wordt in de Filippijnen nog steeds behoorlijk serieus genomen. Massa’s trekken massa’s, van de grootste kathedralen in de metropool tot de kleinste parochiekapellen op het platteland. Tijdens de Goede Week sluiten de meeste uitgezonden tv-stations of werken ze alleen op beperkte tijden en degenen die wel religieuze programma’s uitzenden.

De Katholieke Kerk oefent ook nogal wat invloed uit, zelfs op niet-religieuze zaken zoals staatszaken. Mores veranderen echter langzaam; Filippino’s accepteren nu langzaamaan wat voorheen taboe-kwesties waren in de rooms-katholieke leer, zoals kunstmatige anticonceptie, seks voor het huwelijk en de ontbinding van huwelijksgeloften.

De grootste religieuze minderheid zijn moslim- Filippino’s (Moros) die voornamelijk in Mindanao wonen, maar ook in toenemende mate in steden als Manilla, Baguio of Cebu in het noorden en centrale delen van het land. De autonome regio in moslim Mindanao(ARMM) geeft een deel van hen zelfbestuur. Ze vertegenwoordigen ongeveer 5% van de bevolking. De islam is de oudste voortdurend beoefende georganiseerde religie in de Filippijnen, met de eerste bekeringen die in de 12e eeuw na Christus werden gedaan. De islam werd zo’n belangrijke kracht dat Manilla ten tijde van de Spaanse aankomst in de 16e eeuw een moslimstad was. Veel aspecten van dit islamitische verleden worden gezien in bepaalde culturele kenmerken die veel reguliere christelijke Filippino’s nog steeds vertonen (zoals etiquette voor eten en hygiëne) en hebben bijgedragen aan de smeltkroes van de Filippijnse cultuur. Terroristische aanslagen en gewelddadige confrontaties tussen het Filippijnse leger en splinter militante islamitische organisaties zoals de Abu Sayyaf en het Moro Islamic Liberation Front hebben de betrekkingen tussen moslims en niet-moslimfilippijnen in de zuidelijke landelijke delen van het land onder druk gezet. De moslim-Filippino’s zijn echter veel liberaler in hun interpretaties van de islam en zijn, net als de moslims in Indonesië, over het algemeen meer ontspannen met betrekking tot kwesties als gendersegregatie of de hijab (sluier) dan moslims buiten Zuidoost-Azië.

Indiase Filippino’s, Chinese Filippino’s en Japanse Filippino’s, die samen goed zijn voor 3% van de bevolking, zijn voornamelijk hindoes, sikhs, boeddhisten, shinto’s en taoïsten. Deze bevolkingsgroepen zijn eeuwenlang in het land geweest voorafgaand aan de Spaanse overheersing, en vele aspecten van het boeddhistische en hindoeïstische geloof en de cultuur dringen ook door in de reguliere cultuur van christelijke of moslimfilipino’s.

Zoals met veel dingen op de Filippijnen, is religie niet zo duidelijk en gedefinieerd als officiële statistieken suggereren, en veel christenen en moslims beoefenen en geloven ook in inheemse spirituele aspecten (zoals het eren van natuurlijke goden en voorouderverering, evenals de bestaan ​​van magie en genezers) die in sommige gevallen in tegenspraak zijn met de orthodoxe regels van hun religies.